上海东源计算机自动化工程有限公司成立于1999年，由上海东源计算机自动化工程合作公司更名而成，其前身是交通部三航院CAD研究所。2006年，公司秉着做大做强的目标进行资产重组并顺利完成改造，成为中交第三航务工程勘察设计院有限公司全资子公司。公司各管理部门和职能部门齐全，同时，公司具有先进的管理理念、管理班子和良好的企业文化，数年来被评为"四好"班子和"双文明"先进集体，为公司实现新的发展打下坚实的基础。

自2002年起成为上海市高新科技企业和上海市软件企业，并连续八年通过复审和软件业年检。公司于2007年起通过英国劳氏公司的ISO 9001质量管理认证、ISO 14001环境管理认证和OHSAS 18001（GB 28001）职业健康安全认证。2009年被评为上海市徐汇区小巨人企业，2010年被评为上海市科技小巨人培育企业。